深呼吸时肩膀疼痛可能是肩周炎、胸膜炎、肺栓塞、胃食管反流病、胸壁软组织劳损等疾病的表现，这些疾病都可能导致呼吸时出现肩部不适。建议患者及时就医，以便进行针对性治疗。

1.肩周炎

肩周炎是由于肩关节周围肌腱、滑囊和关节囊发生炎症反应，导致疼痛和功能障碍。当患者进行深呼吸时，这些结构受到牵拉和刺激，从而引起或加剧了肩部疼痛。

非甾体抗炎药如布洛芬可用于减轻肩周炎引起的疼痛。

2.胸膜炎

胸膜炎是由多种原因引起的胸膜壁炎症，可伴有渗出液积聚。深呼吸时胸腔内压发生变化，炎症区域受到牵引而产生疼痛。胸膜炎的治疗需针对其原发病因，例如结核性胸膜炎需要使用异烟肼等抗结核药物治疗。

3.肺栓塞

肺栓塞是指血栓或其他物体阻塞肺动脉及其分支，导致肺循环受阻的一组临床综合征。肺栓塞会导致肺血管痉挛和缺氧，进而引起胸部不适，包括疼痛和呼吸困难。深呼吸时这种不适感可能更为明显。肺栓塞的治疗通常采用溶栓药物如阿替普酶进行溶栓治疗。

4.胃食管反流病

胃食管反流病是因为胃内容物反流入食管所致的一系列临床综合征，此时胃酸刺激周围的组织，会引起胸痛的症状。深呼吸时腹压增加，加重胃酸上逆，因此会出现胸口疼痛的情况。胃食管反流病的患者可以遵医嘱服用雷贝拉唑钠肠溶片抑制胃酸分泌。

5.胸壁软组织劳损

胸壁软组织劳损多由长期负重活动引起，导致局部肌肉纤维过度紧张或损伤，形成无菌性炎症，在深呼吸时炎症因子刺激神经根，出现放射性疼痛。胸壁软组织劳损可通过热敷缓解，也可遵照医生的意见口服双氯芬酸钠缓释胶囊止痛。

建议定期复查以监测病情变化，必要时进行X光检查、CT扫描或MRI以评估肩部和胸部状况。日常生活中应避免剧烈运动，尤其是对于存在肩周炎的患者，以免加重疼痛症状。