孕39周化脓性扁桃体炎时，应避免使用头孢类抗生素，以免影响胎儿健康发育。

头孢类抗生素属于β-内酰胺类抗生素，通过抑制细胞壁合成而发挥杀菌作用。其主要通过干扰细菌细胞壁的合成过程来发挥作用，对革兰氏阳性菌有较强的抗菌活性。但因其具有一定的毒性及副作用，故妊娠期禁用。此外，该药物可通过胎盘屏障进入胎儿血液循环，可能导致胎儿发生过敏反应、耳聋等问题，因此不建议在孕期使用。

如果孕妇患有化脓性扁桃体炎，除了上述提到的头孢拉定外，还可以遵医嘱服用青霉素V钾片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。这些药物均经过临床验证，在怀孕期间应用较为安全。

需要注意的是，由于个体差异存在，对于任何药物都应在医生指导下谨慎使用，并严格遵守用药剂量与时间，以减少不良反应的发生概率。同时还要保持充足的休息，多喝水，有利于促进新陈代谢，也有助于病情恢复。