软腭咽口水时有点疼可能是慢性扁桃体炎、咽部黏膜损伤、舌咽神经痛、咽部异物感、咽部肿瘤等疾病的表现。这些疾病都可能导致咽部不适，建议及时就医以确定具体原因并接受适当治疗。

1.慢性扁桃体炎

慢性炎症导致局部充血、水肿和增生，引起吞咽疼痛。这种病程长，反复发作。患者可在医生指导下使用青霉素类抗生素如阿莫西林克拉维酸钾进行抗感染治疗。

2.咽部黏膜损伤

由于外伤、化学性物质刺激等原因导致咽部黏膜受损，在吞咽时会引起疼痛。建议患者可以遵医嘱使用复方氯己定含漱液等药物缓解不适症状。

3.舌咽神经痛

当舌咽神经受到压迫或受其他因素影响时，可能会出现阵发性的剧烈疼痛，这种疼痛可能被误认为是软腭疼痛。对于舌咽神经痛，通常需要针对原发病进行治疗，如三叉神经微血管减压术。

4.咽部异物感

由于咽喉部存在异物感，可能导致吞咽时感到疼痛。如果确诊为异物感，则需及时就医取出异物，以免引起更严重的并发症。

5.咽部肿瘤

主要是因为咽部长有良性或者恶性的新生物，这些肿块会对周围组织产生一定的压迫作用，进而诱发吞咽困难以及疼痛的症状发生。如果是恶性肿瘤所致，患者可配合医生通过内镜下切除术等方式来改善病情。

此外，患者还可以到正规医院的耳鼻喉科就诊，完善电子纤维鼻咽喉镜检查以排除相关病变。日常生活中注意休息，避免过度劳累，保持良好的生活习惯，有助于促进疾病的恢复。