三个月宝宝尿液发黄可能是由胆红素代谢异常、新生儿溶血病、先天性胆道闭锁、巨球蛋白血症、肝炎病毒感染等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.胆红素代谢异常

胆红素是衰老红细胞分解后的产物，在肝脏中进行代谢和排泄。当胆红素代谢异常时，会导致血液中的胆红素水平升高，进而引起皮肤、黏膜等部位出现黄色染色。

针对胆红素代谢异常引起的黄疸，可遵医嘱使用人免疫球蛋白来抑制抗原-抗体反应，减少胆红素的产生。

2.新生儿溶血病

由于母婴血型不合导致红细胞破坏增加，超过了肝脏处理能力，未结合胆红素不能够被及时转化成结合胆红素随胆汁排出体外，就会使胆红素反流到血液当中，从而引起巩膜、皮肤等部位黄染。如果是母乳性黄疸，可以暂停母乳喂养48~72小时，有助于减轻黄疸程度。

3.先天性胆道闭锁

先天性胆道闭锁是指胎儿期肝内胆管发育异常所致的一种遗传性疾病，以肝内外胆管呈纤维性阻塞为特征，表现为持续性胆汁淤积性肝硬化。对于先天性胆道闭锁患儿，可通过葛西手术恢复胆汁引流通畅，改善预后。

4.巨球蛋白血症

巨球蛋白血症是一种淋巴造血系统的恶性增殖性疾病，其特点是骨髓浆细胞样淋巴细胞过度增生并分泌单克隆IgM。高水平的IgM分子量较大，因此在血液循环中难以被完全清除，导致血液中的IgM浓度增高，间接胆红素随之上升，出现黄疸现象。患者可在医生指导下应用环磷酰胺、苯丁酸氮芥等烷化剂化疗药物进行治疗。

5.肝炎病毒感染

肝炎病毒感染会引起肝细胞损伤和炎症反应，影响胆红素的摄取、转运和排泄，导致胆红素水平升高。针对肝炎病毒感染，可遵照医生的意见给予拉米夫定片、恩替卡韦片等核苷类药物进行抗病毒治疗。

建议关注婴儿的精神状态和食欲变化，定期监测血清胆红素水平。必要时，应进行肝功能测试、血常规以及超声波检查，以评估病情进展。