肛门指检后大便疼痛，可能是肛门、肛管及直肠周围疼痛，或者肛门附近的神经受到刺激所导致。肛门指检是指医生用食指伸进患者肛门触摸肛门，通过肛门指检可以初步判断肛门、肛管及直肠是否存在病变。

1、肛门、肛管及直肠：由于肛管和直肠紧挨着，进行肛门指检时，可能会刺激到肛管和直肠，引起肛管和直肠疼痛，这种疼痛大部分患者可以忍受，并不会特别痛苦。如果患者比较害怕疼痛，可以在检查之前外涂利多卡因凝胶等局麻药物，可以缓解疼痛;

2、神经：如果患者的肛门、肛管及直肠没有病变，神经末梢比较丰富，进行肛门指检时，可能因为手指触碰到神经末梢而引起疼痛，这种疼痛一般都比较强烈，可以忍受，并不会特别痛苦。如果患者害怕疼痛，可以选择无痛的指检检查，就是在麻醉下进行检查;

3、炎症：如果患者存在内痔或者混合痔等疾病，在进行肛门指检时可能会刺激痔核或者肛门周围的组织而引起疼痛。如果存在炎症，建议患者遵医嘱使用抗生素进行治疗，如阿莫西林胶囊、头孢克洛胶囊等;

4、其他原因：如果患者存在肛裂、肛瘘等疾病，在进行肛门指检时也可能会引起疼痛。肛裂患者可以遵医嘱使用硝酸甘油软膏促进裂口愈合，如果存在肛瘘，建议患者遵医嘱使用抗生素进行治疗，如阿莫西林克拉维酸钾片等，必要时需要通过手术进行治疗。

建议患者在做完肛门指检后及时休息，避免剧烈运动，以免影响伤口愈合。此外，如果患者进行肛门指检后大便疼痛比较剧烈或长时间不缓解，建议及时到医院就诊，在医生指导下明确病因后进行治疗。