疱疹性咽峡炎的病因主要是柯萨奇病毒、埃可病毒、水痘-带状疱疹病毒等引起的感染，这些病毒通过飞沫传播或密切接触传播。
1.柯萨奇病毒
柯萨奇病毒感染时，病毒侵入口腔黏膜，在局部复制后沿感觉神经进入中枢神经系统并扩散至全身，此时唾液腺肿大、舌腭部充血发红，进而出现发热、咽痛等症状。患者可在医生指导下使用利巴韦林颗粒进行抗病毒治疗。
2.埃可病毒
埃可病毒感染会导致肠道和呼吸道上皮细胞损伤，引起消化道和呼吸道炎症反应，导致腹泻、呕吐、咳嗽、呼吸困难等不适症状。当这些症状影响到咽喉部位时，就会出现疱疹性咽峡炎的症状。针对埃可病毒感染引起的疱疹性咽峡炎，通常需要遵医嘱服用阿昔洛韦片、更昔洛韦胶囊等药物进行抗病毒治疗。
3.水痘-带状疱疹病毒
水痘-带状疱疹病毒感染后，病毒会在体内潜伏并处于休眠状态，当机体免疫力下降时，病毒会被激活并沿着周围神经纤维移动，形成带状分布的疱疹。当病毒侵犯咽部时，会引起咽部黏膜炎症，表现为咽痛、吞咽困难等症状。对于由水痘-带状疱疹病毒感染所致的疱疹性咽峡炎，建议遵照医生的意见口服普瑞巴林胶囊、盐酸度洛西汀肠溶片等药物缓解疼痛症状。
患者应保持充足的休息，避免剧烈运动，以促进身体恢复。此外，定期复查是必要的，可以监测病情变化，必要时可以通过咽拭子培养法、核酸检测等方式进行诊断。
