头表皮囊肿通常不会自行消失。
头表皮囊肿是皮肤附属器的良性肿瘤，主要是由毛发堵塞所导致的，其发生发展一般不受机体控制，也不会随着身体的新陈代谢而自行消失。该疾病可能伴随患者终身存在，如果囊肿体积较小且无其他并发症，可不必处理；若囊肿较大或引起疼痛、感染等问题，则需要通过手术切除的方式进行干预。
囊肿还可能是继发于炎症反应后遗留下的纤维化结构，或是外伤后血肿机化的结果，这些情况下形成的囊肿通常也不会自行消退。
针对头表皮囊肿，应避免局部过度摩擦或挤压，以减少刺激，同时注意个人卫生，避免细菌滋生，诱发感染。
