大便肚子疼、大便困难以及便秘可能是由结肠传输功能障碍、直肠肛门功能异常引起的消化系统疾病，如慢性结肠炎、功能性便秘等。

结肠传输功能障碍是指食物在小肠内被充分吸收后进入结肠，但由于结肠运动异常而延迟排出体外的现象。这可能导致大便在肠道中停留时间过长，水分被重吸收，使大便变硬、干燥，从而加重排便困难和腹痛的症状。直肠肛门功能异常包括括约肌失弛缓症、盆底痉挛综合征等，这些疾病会导致肛门括约肌无法正常松弛，阻碍粪便排出，引起排便困难和腹痛。此外，由于长期的排便困难，可能会导致肠道对粪便刺激敏感性增加，进而引发腹痛的情况。当出现上述症状时，应及时就医以便进行相关检查和确诊，并接受适当治疗。

如果患者还伴有腹泻或腹胀，则可能与溃疡性结肠炎有关。这种疾病通常会引起反复发作的腹泻、黏液血便等症状，同时也会伴随不同程度的腹痛。这是因为炎症反应刺激了结肠黏膜，导致其受损和水肿，影响了正常的消化吸收功能。

针对大便困难、腹痛及便秘等问题，建议调整饮食结构，避免高脂、辛辣食物，多摄入富含膳食纤维的食物如蔬菜、水果，以改善肠道环境。若症状持续不缓解，可考虑使用促进胃动力药物如莫沙必利片、马来酸曲美布汀片等来改善不适症状。