深蹲后膝盖疼可能是由髌股关节炎、半月板损伤、韧带损伤、滑膜皱襞综合征或软骨磨损引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.髌股关节炎

髌股关节炎是由于长期过度使用、外伤等原因导致膝关节内软骨发生退行性变，引起关节面不平，导致疼痛和僵硬。这会导致关节表面摩擦增加，从而引起疼痛。

非甾体抗炎药如布洛芬可用于缓解轻度至中度的疼痛和炎症。

2.半月板损伤

半月板损伤通常由急性创伤或慢性劳损引起，可导致关节腔内压力增高，进而诱发疼痛。此外，当受伤部位受到挤压时，也会出现疼痛的情况。对于轻微的半月板撕裂，可通过穿戴支具保护患处，减少活动量来促进愈合；若为严重的半月板撕裂，则需进行手术治疗，如半月板缝合术。

3.韧带损伤

韧带损伤可能导致关节稳定性下降，引起关节周围肌肉紧张和疼痛。这是因为韧带损伤会引起关节周围的组织肿胀和炎症反应，从而导致疼痛加剧。对于轻度的韧带拉伤，可以通过冷敷、休息等保守方式进行处理；而对于重度的韧带损伤，则需要通过手术的方式进行修复，比如前交叉韧带重建术。

4.滑膜皱襞综合征

滑膜皱襞综合征是指滑膜皱襞异常增厚并卡压在股骨髁间窝上，引起关节积液、肿胀和疼痛的一种疾病。因为关节内的液体循环受阻，导致关节内压力升高，刺激滑膜分泌更多的液体，从而引起疼痛。患者可在医生指导下服用双氯芬酸钠缓释片、塞来昔布胶囊等药物进行止痛治疗。

5.软骨磨损

软骨磨损导致关节面不平整，使关节之间的摩擦力增大，在运动过程中容易产生疼痛感。软骨磨损会使关节面变得粗糙，增加关节间的摩擦，从而引起疼痛。患者可以遵医嘱口服硫酸氨基葡萄糖胶囊、盐酸氨基葡萄糖片等药物补充氨基葡萄糖，延缓关节软骨退化，减轻疼痛症状。

针对深蹲后膝盖疼痛的症状，建议避免剧烈运动，尤其是对受损区域的高强度活动，以减少关节负担。必要时，还应进行MRI检查，排除是否存在韧带损伤或其他结构的问题。