小孩三个月没来月经可能是下丘脑-垂体功能异常、卵巢早衰、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退、肾上腺皮质功能减退等疾病因素导致的，需根据具体病因进行针对性治疗。建议及时就医，以便进行相关检查和确诊。

1.下丘脑-垂体功能异常

下丘脑-垂体功能异常可能导致促性腺激素分泌不足或失调，进而影响卵泡发育和排卵，导致月经推迟。针对此病因，可以考虑使用促性腺激素释放激素类似物进行治疗，如亮丙瑞林、曲普瑞林等。

2.卵巢早衰

卵巢早衰是指卵巢过早停止产卵，雌激素水平下降，引起月经不规律或停经。这会导致下一次月经无法按时到来。对于这种情况，可以遵医嘱使用戊酸雌二醇片、结合雌激素片等药物来进行调理。

3.多囊卵巢综合征

多囊卵巢综合征是一种复杂的生殖内分泌代谢疾病，以雄激素升高、持续无排卵、卵巢多囊样改变等为特征，表现为多毛、痤疮、月经不规律、不孕等。由于雄激素干扰正常的卵泡发育和排卵过程，可能会出现闭经现象。患者可以在医生指导下服用炔雌醇环丙孕酮片、醋酸甲羟孕酮片等药物进行调理。

4.甲状腺功能减退

甲状腺功能减退症是由自身免疫、手术、放疗等因素引起的低甲状腺激素血症所致的特发性甲状腺功能减退，可累及全身各个系统，包括生殖系统。当甲状腺功能低下时，会影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，从而导致月经紊乱或停经。补充甲状腺激素是主要治疗方法，常用药物有左甲状腺素钠片、甲状腺片等。

5.肾上腺皮质功能减退

肾上腺皮质功能减退可能由多种原因引起，导致肾上腺激素合成不足，影响下丘脑-垂体-肾上腺轴的正常功能，间接影响卵巢功能，导致月经延迟或缺失。肾上腺皮质功能减退需要长期激素替代治疗，通常优选糖皮质激素，如氢化可的松注射液、泼尼松龙片等；其次选择盐皮质激素，如地塞米松磷酸钠注射液、氟氢可的松片等。

建议关注孩子的营养状况和体重变化，定期监测生长发育指标。必要时，应进行内分泌相关检查，例如空腹血糖、胰岛素测定以及性激素水平检测。