百日咳杆菌感染后，虽然患者体内的百日咳杆菌已经转阴，但咳嗽症状仍然存在可能是由于免疫功能低下、过敏性咳嗽、慢性支气管炎、肺结核等病因导致的。建议患者及时就医，进行针对性治疗。

1.百日咳杆菌感染

百日咳是由百日咳杆菌引起的呼吸道传染病，当机体受到百日咳杆菌侵袭时，会引起呼吸道黏膜出现炎症反应和损伤，导致持续干咳。患者可遵医嘱使用抗生素进行抗感染治疗，如阿奇霉素、罗红霉素等。

2.免疫功能低下

免疫功能低下的个体无法有效抵御病原体入侵，致使百日咳杆菌持续存在并繁殖，引起反复咳嗽。针对免疫功能低下的原因，如HIV感染，需采用抗逆转录病毒药物进行治疗，如拉米夫定、恩曲他滨等。

3.过敏性咳嗽

过敏性咳嗽是由于接触过敏原后触发机体免疫系统产生过度反应，导致气道平滑肌收缩和黏液分泌增加，引起咳嗽。百日咳转阴后，若患者仍处于过敏状态，则会出现持续性的咳嗽。患者可以到医院做过敏原检测，明确致敏物质后采取脱敏疗法进行处理，如通过注射疫苗的方式使机体逐渐耐受某种特定的过敏原。

4.慢性支气管炎

慢性支气管炎患者的气道存在慢性炎症，易发生痰液积聚和气道痉挛，百日咳杆菌感染可能导致病情加重，进而出现长期咳嗽的症状。患者需要戒烟，并减少吸入刺激性气体，同时可在医生指导下服用止咳化痰药缓解症状，如氨溴索口服溶液、盐酸氨溴特罗口服溶液等。

5.肺结核

肺结核由结核分枝杆菌感染引起，会导致肺组织受损，引起咳嗽、咳血等症状。百日咳杆菌感染治愈后，如果未完全清除体内病菌，可能会再次激活，导致咳嗽持续不愈。对于活动性肺结核，患者应接受规范化的抗结核治疗，例如遵循医嘱用利福平、异烟肼等药物进行治疗。

建议密切监测症状变化，定期复查以评估病情恢复情况。必要时，还需要进一步完善胸部CT扫描以及高分辨率CT扫描等影像学检查，以排除其他潜在的呼吸系统疾病。