肛门指检里面有东西且疼痛可能是痔疮、直肠息肉等疾病引起的。患者应及时就医，在医生的指导下进行对症治疗。

一、生理因素

1.痔疮：如果长期久坐或饮食不当可能会诱发痔疮，导致肛管或者直肠下端充血肿大，从而出现上述症状。建议患者在日常生活中注意合理膳食，避免吃辛辣刺激的食物，同时还要养成良好的排便习惯，保持大便通畅。

二、病理因素

2.直肠息肉：由于遗传、炎症等原因会导致直肠黏膜表面发生隆起性病变，从而引起上述情况。对于体积较小的直肠息肉可以采取内镜下手术切除的方式进行治疗，而对于体积较大的直肠息肉，则需要通过开腹手术将病灶切除。

除此之外，还可能与肛乳头瘤、肛瘘等因素有关，建议及时到医院完善相关检查，并积极配合医生进行针对性治疗。