男人小便时会阴处刺痛，可能是由于尿路感染、前列腺炎、外伤、龟头炎等原因导致，建议及时到医院就诊，进行相关检查以明确诊断，并在专业医生的指导下进行针对性治疗。

1、尿路感染：细菌、真菌等病原体可引起尿路感染，出现炎症刺激，炎性因子刺激可导致出现男人小便时会阴处刺痛的现象，还可伴随尿频、尿急等症状，需遵医嘱使用呋喃妥因肠溶片、氨苄西林胶囊、诺氟沙星胶囊等药物治疗;

2、前列腺炎：多由于尿路感染、长期食用辛辣刺激性食物等因素导致，可刺激前列腺部位引起炎症反应，从而导致男人小便时会阴处刺痛，还会伴随尿不尽、尿滴白等症状，需遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星片、盐酸坦索罗辛缓释胶囊、塞来昔布胶囊等药物治疗;

3、外伤：若男人阴部受到撞击等外伤，可导致局部出现损伤，在小便时尿液刺激损伤部位可造成男人小便时会阴处刺痛，还会伴随破皮、出血等症状。若症状较轻，可遵医嘱使用碘伏消毒处理，若症状严重，建议及时就医进行清创、消毒处理;

4、龟头炎：多与包皮过长、不注意局部卫生等因素有关，炎症刺激可导致龟头水肿、红斑，伴有排尿疼痛等症状，排尿时尿液刺激病变部位可造成男人小便时会阴处刺痛，可遵医嘱使用红霉素软膏、甲硝唑片等药物治疗。