南京鼓楼医院、南京军区南京总医院、南京同仁医院、南京市第一医院、南京市中医院是南京胃肠疾病治疗方面的知名医疗机构，根据患者病情和需求，选择合适的医院进行治疗。

1.南京鼓楼医院

南京鼓楼医院是南京地区历史悠久且规模较大的综合性医院之一。其胃肠外科在国内享有盛誉，在胃癌、结直肠癌等疾病的治疗方面具有丰富的经验。

2.南京军区南京总医院

南京军区南京总医院是集医疗、教学、科研于一体的大型综合医院，也是南京地区的重点医疗机构之一。该院消化内科在胃肠疾病诊治方面处于国内领先水平，尤其擅长于慢性萎缩性胃炎、胆汁反流性胃炎等疑难杂症的诊疗工作。

3.南京同仁医院

南京同仁医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合医院，设有多个临床科室及医技科室。该医院的消化内科致力于各种消化系统疾病的诊断与治疗，对于急慢性胃肠炎、功能性消化不良等病症有独到见解。

4.南京市第一医院

南京市第一医院为三级甲等公立医院，提供全面的医疗服务，包括胃肠科服务。该医院拥有一支经验丰富的胃肠科团队，他们能够运用先进的技术和方法来处理各种胃肠相关问题。

5.南京市中医院

南京市中医院是一家以中医药为主，中西医结合的大型综合性医院，设有多个临床科室，其中消化科是较为优势的科室之一。该医院消化科在传统中医理论指导下，针对胃肠功能紊乱等问题进行诊治，并取得了良好效果。

选择胃肠医院时需考虑个人经济承受能力以及医保政策覆盖情况。建议患者定期进行胃肠镜检查，及时发现病变，早期干预可有效预防严重并发症的发生。