新生儿腹泻的治疗原则是针对病因进行治疗，具体治疗方法应根据病因进行选择，以避免盲目治疗而导致病情加重。新生儿腹泻的病因可分为感染性和非感染性，感染性因素有病毒感染、细菌感染、真菌感染等，非感染性因素有乳糖不耐受、过敏等。

一、感染性因素：

1、病毒感染：如果是病毒感染引起的腹泻，大便多数呈稀水蛋花汤样，可以在医生指导下使用抗病毒药物治疗，如抗病毒口服液、利巴韦林颗粒等;

2、细菌感染：如果新生儿是细菌感染导致的腹泻，大便中可能有黏液或者血丝，血常规检查白细胞明显升高，可以在医生指导下选择合适的抗生素治疗，如注射用头孢曲松钠、注射用头孢噻肟钠等;

3、真菌感染：如果新生儿发生真菌感染性腹泻，可以在医生指导下口服益生菌调节肠道菌群，如双歧杆菌三联活菌散、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等。

二、非感染性因素：

1、乳糖不耐受：如果新生儿有先天性乳糖不耐受，吃奶后会出现腹泻，大便多为黄色稀便。此时可以在医生指导下吃无乳糖奶粉，避免摄入过多乳糖;

2、过敏：如果新生儿对牛奶蛋白过敏，也可出现腹泻，可以在医生指导下更换水解奶粉，避免摄入过多蛋白质，否则会加重腹泻。

另外，如果新生儿腹泻伴随脱水症状，则需要及时进行补液治疗，比如口服补液盐，避免脱水加重。同时应注意加强臀部护理，避免红臀出现，如果新生儿精神状态不佳，则需要及时明确病因，并给予治疗。