怀孕初期孕酮低可能是黄体功能不全、胚胎发育不良、染色体异常等原因引起的，需要根据不同的原因进行相应的治疗。

1.黄体功能不全：如果孕妇的卵巢储备功能不好或者卵泡期分泌雌激素不足，则容易导致黄体功能不全。此时黄体会提前萎缩，无法继续产生足够的孕激素，从而出现上述情况。建议患者遵医嘱使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行补充治疗。

2.胚胎发育不良：如果胚胎本身质量不佳，可能会出现胎停育的情况，进而也会引起孕酮水平偏低的现象发生。对于这种情况，一般不需要特殊处理，定期复查即可。

3.染色体异常：如果夫妻双方有一方或双方存在染色体异常的情况，则有可能会导致胎儿出现染色体异常的情况，进而会出现孕酮水平偏低的现象。必要时，可以通过手术的方式终止妊娠。

除此之外，还可能与甲状腺功能减退症有关。建议及时就医，在医生指导下完善相关检查规范治疗。