孕早期空腹血糖5.9mmol/L致畸，可能是由于妊娠糖尿病导致，也可能是由于未控制饮食、缺乏运动、胰岛功能异常等因素引起。建议在医生指导下进行针对性处理，避免对胎儿的生长发育造成影响。

1、妊娠糖尿病：在怀孕期间身体会出现内分泌紊乱，随着身体的变化，胰岛素抵抗也会加强，部分孕妇就可能出现胰岛素抵抗，如果胰岛素抵抗不明显，就可能出现孕早期空腹血糖5.9mmol/L致畸的情况;

2、未控制饮食：如果在孕早期没有控制饮食，如进食大量高糖食物等，就可能会导致身体血糖水平升高，出现孕早期空腹血糖5.9mmol/L致畸的情况;

3、缺乏运动：孕妇在怀孕早期，如果身体缺乏运动，身体的新陈代谢会有所减慢，导致胰岛素的作用变弱，就可能会出现孕早期空腹血糖5.9mmol/L致畸的情况;

4、胰岛功能异常：部分孕妇有妊娠期糖尿病，在怀孕期间血糖可能会有轻微升高，胰岛素抵抗明显，如存在基因突变等，就可能出现孕早期空腹血糖5.9mmol/L致畸的情况。

怀孕期间出现空腹血糖高，容易对胎儿的发育造成影响，可能会出现胎儿畸形、巨大儿等，因此孕妇要注意做好定期产检，确定血糖的具体数值。如果孕妇血糖升高不明显，可遵医嘱通过饮食控制、运动等方式来改善，如果血糖升高明显，建议进行胰岛素治疗。