肛门指检里面疼可能是由非疾病因素引起，也有可能是由于痔、直肠炎、肛裂等疾病因素引起的。

一、非疾病因素

如果患者在进行肛门指检时，手指比较粗大，在进入肛管内时可能会对局部造成刺激，从而出现疼痛的情况。一般属于正常的生理现象，不需要特殊治疗，建议患者放松心情，避免过度紧张。

二、疾病因素

1.痔：痔是指人体直肠末端黏膜下和皮肤下静脉丛发生扩张或屈曲所形成的柔软静脉团，通常与饮食不当、排便习惯异常等因素有关。当患者患有痔后，在进行肛门指检时，会对局部组织造成刺激，导致其充血水肿，进而会出现上述情况。对于症状较轻的患者可不予以处理，注意日常护理即可；而对于症状严重的患者，则需要遵医嘱通过手术的方式进行治疗，如单纯结扎法、胶圈套扎法等。

2.直肠炎：直肠炎是由多种原因引起的直肠内壁炎症性病变，可能与异物损伤、感染等因素有关。患病以后会导致患者出现腹泻、腹痛等症状，并且还会伴有肛门坠胀感，所以会造成肛门指检里面疼的现象。此时可在医生指导下服用美沙拉秦肠溶片、柳氮磺吡啶肠溶片等药物进行治疗。

3.肛裂：肛裂是一种常见的肛门病，通常是由于长期便秘、腹泻等原因造成的，会导致肛管周围形成小溃疡面，同时并伴有瘙痒、疼痛以及出血的症状，所以在做肛门指检的时候会感觉到疼痛。此类患者可以在医生的指导下使用高锰酸钾溶液坐浴缓解不适症状，必要时则需要采取手术的方式进行治疗，比如肛裂切除术、侧位内括约肌切断术等。

除此之外，还可能是因为肛周脓肿、肛窦炎等疾病引起的，但不排除是其他原因所致，患者应及时前往医院就诊，明确病因后给予针对性地治疗。