做了肛瘘手术后大便时是否会疼痛需要根据具体情况而定。如果患者术后恢复较好，则一般不会出现疼痛的情况；但如果术后伤口感染或发生炎症反应，则可能会导致排便时出现疼痛的症状。

一、不会痛

1.术后恢复良好：若患者在进行肛瘘手术后，身体素质比较好，并且没有出现其他并发症和不适症状，在这种情况下，患者的病情会逐渐好转，通常不会有明显的疼痛感。

2.术后护理得当：此外，还与术后的护理有关。若患者在手术后注意饮食清淡，避免食用辛辣刺激性食物以及生冷的食物，同时还要保持局部清洁卫生，定期消毒换药等，这些都有助于促进伤口的愈合，从而减少疼痛的发生。

二、会痛

1.伤口感染：由于肛瘘手术属于有创操作，所以术后很容易受到细菌侵袭引起感染，进而诱发炎性渗出物增多，此时就会产生明显疼痛感，甚至还会伴有红肿、发热等症状。

2.炎症反应：部分患者在做完肛瘘手术之后，可能因为个人体质原因，会出现一些炎症反应，比如水肿、充血等，也会对直肠造成一定的影响，从而引发疼痛现象。

建议患者及时就医检查治疗，以免延误病情。平时要注意合理饮食，尽量以流质或者是半流质食物为主，可以多吃新鲜水果蔬菜，能够补充维生素，有利于身体健康。