囊胚移植后大便发黑，有可能是饮食因素引起，也可能是药物因素、先兆流产、消化道出血等导致。女性在囊胚移植后，出现大便发黑的症状，建议去医院咨询医生，在医生指导下进行相应的处理。

1、饮食因素：囊胚移植后，如果女性进食富含铁元素的食物，如猪肝、猪血、鸭血，以及深色蔬菜等食物，铁元素在肠道细菌的作用下被氧化成硫化铁，就会导致大便颜色发黑，属于正常情况，一般不需要进行特殊处理;

2、药物因素：囊胚移植后大便发黑，可能是女性在囊胚移植后服用保胎药物，其中含有的孕激素，在药物的作用下引起大便次数增多，以及大便颜色发黑的症状，在停止服用保胎药物后，大便颜色会逐渐恢复正常;

3、先兆流产：如果女性在囊胚移植后，出现大便发黑的情况，同时伴有小腹疼痛、阴道流血等症状，可能是先兆流产的表现。如果流血量不多，可以在医生指导下，应用黄体酮、地屈孕酮等药物进行保胎治疗。如果流血量较多，需要及时终止妊娠;

4、消化道出血：如果女性在囊胚移植后出现大便发黑的情况，同时伴有呕血、上腹部疼痛等症状，可能是消化道出血引起。建议女性及时就医，可以在医生指导下应用抑制胃酸分泌的药物，如奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑等进行治疗，必要时需行介入治疗或手术治疗。

女性在进行囊胚移植后，应注意适当休息，避免剧烈运动或过度劳累。同时还应注意饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果，适量吃富含蛋白质的食物，如鸡蛋、牛奶等，保持良好的心态以及充足的睡眠时间。