卵巢囊肿和巧克力囊肿的主要区别在于病因、症状、治疗、并发症等方面，若患者出现相关症状，应及时前往医院就诊，在医生指导下明确诊断。

1、病因：卵巢囊肿可能是内分泌紊乱所致，也可能与不良饮食习惯或者子宫内膜炎等因素有关。巧克力囊肿多由子宫内膜异位症所致，还可能与遗传或者长期受到激素刺激等因素有关;

2、症状：卵巢囊肿患者主要表现为下腹部不适、坠胀、腰骶部酸痛，同时还会伴有腹部压迫感、下腹部疼痛、性交疼痛等。巧克力囊肿患者主要表现为痛经、月经异常，同时还伴有下腹部坠胀感、腰骶部酸痛等症状，疼痛呈进行性加重，一般在月经来潮前1-2天会出现;

3、治疗：卵巢囊肿患者可以在医生指导下口服屈螺酮炔雌醇片、左炔诺孕酮片等药物治疗，也可以通过腹腔镜手术或者开腹手术进行治疗。巧克力囊肿患者可以通过使用醋酸甲羟孕酮片等药物治疗，也可以通过腹腔镜手术进行治疗;

4、并发症：卵巢囊肿可能会引起囊肿破裂、囊肿扭转等并发症。巧克力囊肿可能会引起盆腔粘连、不孕等并发症。

卵巢囊肿和巧克力囊肿患者，需要及时前往医院进行治疗，经过积极正规的治疗，多数可以治愈，而不会对身体造成太大的损伤。在治疗期间，患者需要注意多休息，注意劳逸结合，避免过度劳累，还要保持良好的心态，有利于促进病情恢复。