做了肛瘘手术后大便是否疼痛需根据具体情况而定。若为单纯性肛瘘手术，一般不会引起排便时的疼痛；但如果是复杂性的肛瘘手术，则可能会出现排便时的疼痛。

1.单纯性肛瘘：如果患者是单纯的肛瘘，而且没有合并其他疾病，在进行肛瘘切除术或切开挂线疗法等治疗后，通常不会有明显的不适症状，也不会影响正常的生活和工作。因此不需要过于担心，也不用采取特殊的处理措施。建议在日常生活中注意保持局部清洁卫生，以免继发感染。

2.复杂性的肛瘘：但如果患者的病情比较严重，并且还伴有其他的并发症，比如直肠黏膜脱垂、肛管狭窄等，在做肛瘘手术的时候就会对局部造成一定的损伤，从而导致排便时有明显疼痛感的情况发生。此时可以在医生指导下服用布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等药物缓解疼痛。必要时也可以通过注射硬化剂的方式进行治疗。

另外，术后要注意饮食清淡，避免吃辛辣刺激的食物，如辣椒、花椒等，还要避免饮酒，以免加重伤口疼痛的症状。同时要定期到医院复查，了解身体恢复情况。