孕酮低但是有胎心、胎芽，可能是生理现象，也有可能是先兆流产等病理因素引起的。建议孕妇及时前往医院进行检查，在医生的指导下根据不同的原因采取相应的处理措施。

一、生理现象

如果女性黄体功能不足或胚胎发育不良，则会导致体内孕激素水平较低，但此时胎儿已经正常生长和发育，并且出现胎心和胎芽的情况。这属于一种正常的生理现象，一般不需要特殊治疗，定期到医院复查即可。

二、病理因素

1.先兆流产：若孕妇在怀孕期间受到外界刺激或者身体过度劳累等原因，可能会导致子宫收缩，从而引起阴道出血以及腹痛等症状发生，也会伴有上述情况。建议患者遵医嘱使用地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物进行保胎治疗。

2.宫外孕：是指受精卵着床于输卵管部位，随着胚胎的不断增大，会逐渐对输卵管造成压迫，从而诱发破裂出血的现象，也会出现上述症状。一旦确诊为宫外孕，需要通过手术的方式将病灶切除，如输卵管切除术、输卵管切开取胚术等。

除此之外，还可能与稽留流产有关，建议患者完善相关检查后就诊治疗。