先天性巨结肠通常在出生后2-3个月内做比较合适，但具体手术时间取决于病情严重程度，以及患儿的身体状况。如果患儿病情比较严重，通常需要更长的时间才能得到治疗，具体手术时间需要咨询专业医生。

1、出生后2-3个月内：如果患儿出生后病情比较轻微，特别是黏膜、皮肤组织、肛门括约肌等都没有出现严重病变，一般建议在出生后2-3个月内进行手术比较合适。因为这个时候新生儿的肠道发育基本上已经成熟，在手术后不会出现严重的肠道问题，出现并发症的概率也比较小;

2、出生后2-3个月：如果患儿出生后病情比较严重，通常建议在出生后2-3个月内进行手术比较合适。因为这个时候新生儿的身体各方面都已经发育成熟，在手术后身体恢复会比较快，出现并发症的概率也比较小;

3、出生后3-6个月：对于出现严重先天性巨结肠的患儿，通常需要在出生后6个月左右进行手术比较合适。因为这个时候新生儿的身体发育基本上已经成熟，在手术后身体恢复也会比较快，出现并发症的概率也比较小;

4、其他：对于出现并发症的先天性巨结肠患儿，需要根据具体情况，可能需要更长的时间才能进行手术。

先天性巨结肠的患儿做完手术之后，家长还要密切观察其生长发育情况，定期进行儿童保健检查，以及对新生儿进行营养状况的评估，从而对患儿的身体进行综合评估。