尿完后生殖器官疼痛，可能是生理性因素引起的，也有可能是病理性因素导致的。常见的病理原因包括局部外伤、前列腺炎、阴道炎等。

一、生理性因素

如果在排尿的过程中用力过大或者姿势不当，可能会对尿道口造成刺激和损伤，从而引起疼痛的症状。一般不需要特殊治疗，在休息一段时间之后能够逐渐恢复。

二、病理性因素

1.局部外伤：如果女性的私处受到过撞击或者是抓挠，会导致皮肤破损，因此会引起明显的疼痛，并且还会伴有红肿以及出血等症状。可以遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物进行抗感染治疗，还要注意多休息。

2.前列腺炎：可能与长期久坐有关，会出现骨盆区域疼痛不适的情况，而且还有可能会出现排尿异常的现象。可以遵医嘱使用盐酸坦索罗辛缓释胶囊、盐酸环丙沙星片等药物进行调理，也可以通过按摩的方式进行改善。

3.阴道炎：属于一种比较常见的妇科疾病，主要是由于不注意个人卫生造成的，通常会表现为分泌物增多、异味、瘙痒及疼痛等症状。患者可以在医生的指导下合理使用甲硝唑栓剂、替硝唑栓剂等药物进行治疗，对于疾病的恢复有一定的帮助。

除此之外，也不排除是膀胱炎、子宫内膜炎等原因造成的，需要及时到医院进行检查并治疗，以免延误病情。