咳嗽、小便尿道刺痛，可能由于泌尿系统感染、生殖系统感染、过敏、结石等因素导致。建议及时就医明确诊断，然后在医生指导下积极进行治疗。

1、泌尿系统感染：如尿道炎、膀胱炎等，由于细菌、病毒等病原微生物感染，导致局部炎症刺激引起充血水肿，导致小便时尿道刺痛。建议遵医嘱给予阿莫西林胶囊、头孢克洛胶囊、呋喃妥因肠溶片、磷霉素氨丁三醇散等药物抗感染治疗，同时需要注意多饮水、多休息;

2、生殖系统感染：女性患者如果出现阴道炎、宫颈炎等生殖系统感染时，由于细菌等对尿道造成刺激，引起局部黏膜充血水肿，导致小便尿道刺痛。建议明确诊断给予头孢克洛胶囊、盐酸左氧氟沙星片、甲硝唑片等药物进行抗感染治疗，同时需要注意保持外阴清洁卫生，禁止同房;

3、过敏：由于过敏因素刺激局部组织引起变态反应，导致小便尿道刺痛，建议使用盐酸西替利嗪片、氯雷他定片等药物抗过敏治疗;

4、结石：如膀胱结石、尿道结石等，多由于膀胱内异物刺激引起排尿疼痛，可出现小便时尿道刺痛的情况。对于膀胱结石患者，需要在膀胱镜下行气压弹道碎石术治疗，而尿道结石患者一般以手术治疗为主，如经尿道膀胱镜取石术等。

咳嗽、小便尿道刺痛的病因较多，需要及时就医进行血常规、尿常规等检查明确诊断，然后在医生指导下进行治疗。