一般正规医院做无痛肠镜检查不会有较大的危害，但少数情况下也可能会出现一定的危害，主要包括检查时注射的麻醉药物可能会影响呼吸和心跳，出现呕吐、反流、误吸、出血及穿孔等，另外，也可能会导致肠胃损伤、加重疾病等。

1、呼吸和心跳受影响：无痛肠镜检查当中需要注射麻醉药物，部分人群对麻醉药物较为敏感，可能会出现呼吸、心跳抑制的情况，通常需要多人配合，才能够完成检查过程，所以建议到正规医院进行检查;

2、呕吐、反流：多由于胃肠道功能较弱或检查时胃肠受到刺激导致，可出现恶心、呕吐的症状。在麻醉药物没有完全代谢后进食可能会加重症状，通常建议在检查后两个小时后进食，有利于避免出现呕吐、反流的情况;

3、误吸：无痛肠镜检查时需要通过口腔或肛门插入胃镜，进行全身麻醉，部分人群咽喉部较为敏感，可能会出现误吸的情况，如果吸入的量较大，可能会堵塞呼吸道，导致窒息，所以在检查时应尽量选择操作熟练的医生;

4、出血及穿孔：在麻醉过程中如果操作不当，刺激到肠黏膜可能会导致出血，如果肠镜损伤肠道黏膜，可能会出现穿孔的情况;

5、其它：如果在检查过程中精神较为紧张，可能会导致血压升高、心率加快，加重心脏负担，部分患者可能会出现麻醉后头晕的情况。

此外，如果在检查过程中不小心吸入了空气，可能会导致胃肠道出现痉挛收缩，出现腹胀的症状。因此，在进行无痛肠镜检查时，应保持放松的心情，不要过于紧张，避免对检查造成影响。