早晨起来口臭有牙印子，可能是由于口腔卫生不洁、龋齿、牙结石、牙龈炎、牙周炎等疾病导致。建议患者及时到医院就诊，明确诊断后进行针对性治疗。

1、口腔卫生不洁：如果在日常生活中没有养成良好的口腔卫生习惯，如饭后漱口、早晚刷牙等，可能会导致食物残渣堆积在牙齿缝隙中，引起细菌滋生，从而出现早晨起来口臭有牙印子的情况。建议患者养成良好的生活习惯，在饭后及时漱口，并且要定期到医院进行洗牙治疗；

2、龋齿：通常是由于细菌感染引起的牙齿硬组织慢性进行性破坏性疾病，会导致牙齿表面形成龋洞，若龋洞较深时，可能会导致食物残渣残留，引起细菌滋生，从而出现早晨起来口臭有牙印子的情况。患者可以遵医嘱使用氟化钠甘油糊剂等药物进行治疗；

3、牙结石：是由于食物残渣和唾液中的钙质沉积在牙齿表面形成的物质，会导致牙齿表面形成牙菌斑以及牙结石，还会伴有口臭的症状，从而出现早晨起来口臭有牙印子的情况。患者可以通过超声波洗牙的方式去除牙结石；

4、牙龈炎：是指发生在牙龈边缘和龈乳头部位的炎症反应，通常与局部刺激因素有关，比如吸烟或者受到外伤等，会导致牙龈充血肿胀以及疼痛等症状，并且会伴有出血的现象，也会导致食物残渣残留引起细菌滋生，从而出现早晨起来口臭有牙印子的情况。患者可以遵医嘱服用甲硝唑片或者替硝唑片等药物治疗；

5、牙周炎：是由多种因素引起的牙周支持组织的慢性炎症疾病，会导致牙齿松动以及移位，并且还会伴有咀嚼困难以及疼痛等症状。如果不注意口腔卫生清洁，则可能会导致食物残渣残留引起细菌滋生，从而出现早晨起来口臭有牙印子的情况。患者可以遵医嘱服用阿莫西林胶囊或者盐酸多西环素片等药物治疗。