肛门指检两厘米处有个小疙瘩、疼痛可能是痔疮导致的，也有可能是尖锐湿疣引起的。患者需要及时到医院进行检查，并在医生指导下对症治疗。

一、原因

1.痔疮：如果长期不良的生活习惯或者饮食不当就会诱发痔疮的发生，在患病后会导致直肠下端静脉充血肿大，从而出现上述症状。同时还会伴有排便困难以及出血等症状。

2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的一种疾病，具有一定的传染性，会通过性接触传播、间接接触传播等。当病毒侵入人体之后会在局部大量繁殖，也会刺激皮肤黏膜增生形成赘生物，所以会出现上述情况。

二、治疗

对于病情比较轻微的人群可以遵医嘱使用咪喹莫特软膏、鬼臼毒素软膏等药物涂抹患处缓解，能够使病灶逐渐消退。必要时也可以采取手术切除的方式进行治疗，比如高频电刀疗法、激光治疗等。

除此之外，还可能与肛周脓肿有关，建议患者及时就医，明确具体病因后再进行针对性治疗。