肩袖关节镜手术在临床上属于常见手术，技术较为成熟，一般不会留有后遗症。但如果医生在操作过程中，因操作不当或患者本身疾病情况，可能会出现一定的后遗症，如关节粘连、肌肉萎缩、瘢痕形成、肩关节功能障碍等。

1、关节粘连：一般由于患者肩袖组织损伤严重，多有创伤性关节炎，如果在手术后没有进行适当的康复锻炼，可能会出现肩袖关节粘连的情况，可表现为肩关节疼痛，以及上举、外展等动作在活动时较为困难。此时可在医生指导下进行积极的康复锻炼，必要时进行松解手术;

2、肌肉萎缩：肩袖是由肌肉及筋膜等组织共同构成，如果在手术后未遵医嘱进行肌肉等组织的康复锻炼，可能会造成局部肌肉萎缩，可表现为肌肉无力等。建议在医生指导下进行康复锻炼，如缓慢举手、上肢向下弯曲等，有利于改善肌肉萎缩的情况;

3、瘢痕形成：如果在手术过程中，医生操作不当，造成皮肤及组织受到损伤，可导致瘢痕形成，瘢痕难以消失。可在医生指导下使用多磺酸粘多糖乳膏等药物，有利于缓解瘢痕形成;

4、肩关节功能障碍：如果术后关节锻炼不足，或者锻炼方式不当，可导致关节僵硬，可出现肩关节不能上举、后伸，或者肩关节疼痛等功能障碍情况，可在医生指导下进行关节镜松解手术治疗。

此外，如果在术中操作不当，损伤了关节囊、神经，还可能会出现神经损伤的情况，可表现为局部感觉障碍，需要进行后期的康复锻炼。