男人小便肛门刺痛，可能是因为尿道炎、肛裂、痔疮、前列腺炎等原因导致。建议前往正规医院就诊，而后根据具体病因和医生的指导建议进行治疗。

1、尿道炎：多由于个人卫生不洁等原因导致，由于炎性物质的刺激，导致男人小便肛门刺痛，还可能会出现尿急、尿频等症状。此时可在医生的指导下，使用头孢克洛胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗;

2、肛裂：长期便秘或者肛门外伤导致肛裂，在排便时大便刺激肛门，从而出现男人小便肛门刺痛的情况，可伴有便血。建议在医生的指导下，涂抹硝酸甘油软膏、复方聚乙二醇电解质散(IV)、乳果糖口服溶液等药物进行治疗;

3、痔疮：多由于久坐或便秘等原因诱发，在排便时，大便刺激痔疮表面的黏膜，从而出现男人小便肛门刺痛的情况，可伴有便血、肛门瘙痒等症状。此时可在医生的指导下，使用马应龙麝香痔疮膏、痔疮栓等药物治疗;

4、前列腺炎：一般是由于细菌感染等原因导致，由于炎性物质的刺激，导致男人小便肛门刺痛，还可能会出现发热、乏力等症状。此时可在医生的指导下，使用盐酸左氧氟沙星胶囊、氨苄西林胶囊等药物进行治疗;

5、其他：如果存在尿道结石，由于结石的刺激，也可能会导致男人小便肛门刺痛。此时可遵医嘱使用排石颗粒等药物治疗，必要时需进行碎石手术治疗。