窝沟封闭一般没有明显的副作用，但是如果操作不当可能会导致牙齿龋坏，而且还有可能会诱发牙龈炎，因此建议严格在医生的指导下进行，以减少副作用的产生。

1、牙齿龋坏：窝沟封闭主要是通过将清洁后的窝沟封闭剂涂抹于牙齿表面，以起到保护牙齿的作用，由于在清洁的过程中，可能会导致牙齿表面受到一定的损伤，如果日常护理不当，则有可能会导致牙齿出现龋坏，从而使牙齿出现疼痛以及敏感的症状，需要及时配合医生将龋坏的组织清除;

2、牙龈炎：如果在做完窝沟封闭后，日常不注意口腔卫生，也有可能会诱发牙龈炎，导致牙龈出现肿胀、疼痛，严重时还有可能会引起牙龈出血，建议遵医嘱使用复方氯己定含漱液进行漱口，能够起到消炎杀菌的效果，同时注意做好口腔的卫生清洁，预防病情加重;

3、牙龈出血：如果日常生活中不注意口腔的卫生清洁，也有可能会诱发牙龈出血，导致牙龈出现疼痛、肿胀的问题，出血量较大时，还可能会导致继发性感染。因此在做完窝沟封闭后，需要注意口腔的卫生清洁，在进食后也要及时漱口，避免食物残渣的残留，以免对牙龈造成刺激;

4、牙齿酸痛：窝沟封闭剂含有的氟离子可起到脱敏的效果，因此在使用的过程中，可能会导致牙齿出现酸痛的问题，一般症状较轻，在停止使用后，症状可逐渐得到改善。