运动神经元病是一组异质性疾病，可累及上下运动神经元，预后取决于病程的长短、严重程度和进展速度，一般来说，病程>5年的患者，预后较好，病程>10年的患者，预后较差。

1、病程：单个病灶起病的运动神经元病患者，进展较快，多为2-3年，少数病程10年的患者，预后相对较好。而中枢神经系统病变的患者，进展较慢，病程约为5年，少数病程10年的患者，预后较差;

2、严重程度：单个病灶起病的运动神经元病患者，如出现肌萎缩侧索硬化，病情进展较快，预后较差。而中枢神经系统病变合并呼吸衰竭、心力衰竭、营养不良等的患者，预后较差，病程>5年的患者，预后较好，病程>10年的患者，预后较差;

3、进展速度：单个病灶起病的运动神经元病患者，如出现肌萎缩侧索硬化，病情进展较快，常于1-2年内死亡。中枢神经系统病变合并呼吸衰竭、心力衰竭、营养不良的患者，预后较差，病程>5年的患者，预后较差;

4、治疗：尽可能地控制病因和症状，如感染、营养不良、电解质紊乱等，可延长寿命，或在医生指导下使用免疫抑制剂，如环磷酰胺、硫唑嘌呤、利妥昔单抗等，可以控制病程，延长患者的生存期。少数患者可通过中西医结合的治疗，有效改善症状，提高生存质量，延长生存期。

此外，患者的依从性也会影响预后，建议患者应遵医嘱进行治疗，并保持良好心态，定期复诊，有助于延长生存期。