小檗碱与黄连素的区别，主要在于药物来源不同、药效成分不同、治疗疾病不同。建议患者在医生指导下使用上述药物进行治疗。

1.药物来源：小檗碱是一种抗菌类的西药，主要是由中药黄柏提取而成。而黄连素是一种中成药制剂，是由中药黄连提取而成。

2.药效成分：小檗碱的主要成分为盐酸小檗碱，具有抗菌的功效，在临床上主要用于治疗肠道感染和泌尿系统感染等疾病。而黄连素的主要成分为盐酸小檗碱，也具有抗菌消炎的作用，在临床上主要用于治疗细菌性痢疾、急性胃肠炎、溃疡性结肠炎等疾病。

3.治疗疾病不同：小檗碱可以用于治疗敏感菌引起的呼吸道感染、皮肤软组织感染以及胃肠道感染等疾病。而黄连素可以用于治疗因细菌或阿米巴原虫引起的肠道感染性疾病，如细菌性腹泻、阿米巴病等。

除此之外，两者的用药方式也不相同。需要注意的是，如果患者对其中一种药物过敏，则不建议服用该药物，以免引起不良反应。同时，患者还需要注意避免食用辛辣刺激性的食物，例如辣椒、花椒或者是芥末等，以免影响病情恢复。