多发性肝囊肿的发病原因目前尚不明确。根据临床经验总结来看，可能与寄生虫感染、先天发育异常、胆管梗阻有关。

一、非病理性因素

1.寄生虫感染：如棘球绦虫等，当患者进食被污染的食物时，会导致人体内出现寄生虫感染的情况，在寄生虫生长的过程中会破坏肝脏组织，从而形成多个囊肿；

2.先天发育异常：如果在胚胎时期存在染色体异常或者基因突变等情况，则可能会导致肝脏部位出现多发性的囊肿，并且随着年龄的增长而逐渐增大；

3.胆管梗阻：比如胆道结石、肿瘤等疾病，可引起胆汁排出障碍，使胆汁淤积于胆管系统中，进而影响到正常的代谢功能，最终诱发该现象发生。

二、病理性因素

除上述情况外，若患有慢性病毒性肝炎、肝硬化等肝脏病变性疾病，也可导致多发性肝囊肿的发生。因为此类疾病的长期发展会造成肝脏实质细胞损伤，甚至还会造成肝脏纤维化以及肝硬化的程度加重，此时会影响肝脏正常结构和功能，所以也会增加多发性肝囊肿发生的概率。

此外，对于部分既往有肝囊肿手术史的人群而言，也有可能会出现复发的情况。建议日常生活中注意饮食清淡，避免食用辛辣刺激食物，以免对身体产生不良的影响。