大便发黑、排便困难、腰痛，一般考虑与痔疮、结肠炎、直肠息肉、胃溃疡、十二指肠溃疡等疾病有关，建议及时就医，具体情况需要根据患者的临床表现和相关检查来确定，在医生的指导下进行针对性治疗。

1、痔疮：通常是由于不良的饮食习惯或久坐等原因导致，在排便时大便刺激到痔疮表面的黏膜，可出现出血的情况，若血液在肠道内停留时间过长，可出现大便发黑、排便困难、腰痛的情况。可以在医生指导下外用肛泰软膏、马应龙麝香痔疮膏等药物治疗;

2、结肠炎：一般是由于病原微生物的感染导致，由于炎症刺激可造成肠道黏膜损伤，引起出血的症状，血液在肠道内停留时间长，会出现大便发黑、排便困难、腰痛的情况。可以在医生指导下口服甲硝唑片、美沙拉秦肠溶片等药物治疗;

3、直肠息肉：通常由于遗传、细菌感染等因素导致，由于息肉的刺激，导致直肠黏膜充血、水肿，引起血管破裂，出现出血的症状，若血液在肠道内停留时间长，会出现大便发黑、排便困难、腰痛的情况。可以在医生指导下口服阿莫西林胶囊、左氧氟沙星片等药物治疗，若药物治疗效果不佳，建议采用手术切除;

4、胃溃疡：由于幽门螺杆菌感染或不良饮食习惯等原因可导致胃黏膜损伤，引起出血的症状，若血液在肠道内停留时间长，会出现大便发黑、排便困难、腰痛的情况。可以在医生指导下口服奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑钠肠溶片等药物治疗;

5、十二指肠溃疡：一般是由于胃酸分泌过多或黏膜抗酸屏障功能失调等原因引起，由于溃疡面及周围组织血管被侵蚀，可出现出血的症状，若血液在肠道内停留时间长，会出现大便发黑、排便困难、腰痛的情况。可以遵医嘱使用奥美拉唑肠溶胶囊、硫糖铝咀嚼片等药物治疗。