男子畸形精子的治疗，需要根据其病因进行针对性地治疗。通常情况下，引起该现象的原因较多，如不良生活习惯、生殖系统感染等非疾病因素，以及精索静脉曲张、睾丸炎、附睾炎等疾病因素。

一、非疾病因素

1.不良生活习惯：如果长期吸烟喝酒或者经常熬夜，可能会导致体内的内分泌紊乱，从而影响到精子的质量，出现畸形精子的情况。建议患者及时纠正不良的生活习惯，避免长时间熬夜和抽烟酗酒；

2.生殖系统感染：当男性存在生殖系统感染时，由于炎症刺激也会造成精子质量下降，甚至还会诱发死精症或者是无精症等情况发生。此时可以在医生指导下服用抗感染药物进行治疗，比如阿莫西林胶囊、头孢克肟片等。

二、疾病因素

1.精索静脉曲张：可能与久站或久坐等因素有关，会导致局部血液循环不畅，使血液淤积在阴囊内，从而对生精功能产生影响，导致精子畸形率增加。此时可以遵医嘱口服迈之灵片、七叶皂苷钠片等药物缓解症状，并且还可以通过手术的方法做进一步治疗，例如腹腔镜下精索静脉高位结扎术；

2.睾丸炎：多数是受到细菌感染所造成的，在发病期间会出现睾丸肿胀疼痛等症状，如果没有得到积极有效的治疗，就有可能会造成精子畸形率升高。一般可遵医嘱使用左氧氟沙星片、盐酸环丙沙星片等抗生素类药物控制感染，必要时也可以选择切开引流术的方式改善；

3.附睾炎：可能是尿路逆行感染所致，也可能是因为邻近器官感染蔓延而来，主要表现为附睾部位有明显肿大、触痛感等症状，还会影响精子正常生长发育而造成畸形精子。此时可在专业医师指导下应用注射用头孢呋辛钠、注射用头孢曲松钠等药物治疗。

除上述原因外，若患有前列腺炎、睾丸肿瘤等疾病也可能会导致这种情况的发生，应及时前往医院男科就诊并完善相关检查，明确具体病因后积极配合医生进行针对性处理或治疗。