新生儿甲减的预后取决于早产儿和足月儿，以及是否得到及时治疗。经过早产儿和足月儿的及时治疗，大部分新生儿的甲状腺功能可以恢复正常，不会影响生长发育。而对于早产儿，如果没有得到及时治疗，可能会出现身材矮小、智力低下等呆小症的表现，影响新生儿的健康。

1、智力低下：如果早产儿合并有甲状腺功能低下，可能会出现智力低下，这种情况要及时给新生儿进行甲状腺激素替代治疗，大部分新生儿的甲状腺功能低下可以恢复正常，对新生儿日后的生长发育不会产生不良影响;

2、身材矮小：早产儿由于甲状腺激素分泌不足，可能会导致身材矮小，这种情况也要及时给新生儿进行甲状腺激素替代治疗，如果治疗及时，大部分新生儿的身高可以达到同龄足月新生儿的水平;

3、呆小症：如果新生儿甲状腺激素分泌不足，导致身体代谢率下降，可能会导致新生儿出现黏液性水肿、智力低下、生长发育落后，这种情况可能会持续到成年，甚至会出现嗜睡、昏迷、抽搐、反应迟钝等表现，要及时进行治疗，否则会影响新生儿的身体健康;

4、其他影响：如果新生儿甲状腺功能低下是由于甲状腺先天性的缺陷，比如甲状腺先天性甲状腺激素合成障碍、甲状腺激素分泌过少，这种情况下要及时给新生儿进行甲状腺激素替代治疗，以免由于甲状腺激素缺乏，造成新生儿身材矮小，影响其正常生长发育。

大多数新生儿甲状腺功能低下经过早期诊断、早期治疗，通常可以恢复正常。此外，在新生儿出生后要及时检查甲状腺激素水平，如果发现甲状腺激素水平异常，要及时给新生儿进行治疗。