儿童医院中医科是江苏省较早成立的中医儿内专科，设立中医诊室及针灸推拿室。
中医诊室擅长应用中西医结合方法诊治儿童内科常见病、多发病及部分疑难杂症，尤其对小儿呼吸道感染、急慢性腹泻、口腔炎、厌食、疳证、便泌、胃炎、遗尿等疾病的治疗，具有良好疗效。
针灸推拿室擅长应用推拿、磁疗、针灸、耳压等方法治疗小儿遗尿、神经性尿频、急慢性腹泻、少儿近视眼、厌食、支气管哮喘、面神经麻痹、臂丛神经损伤、口腔炎等，具有显著疗效。
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