自然流产有卵巢囊肿时，应在医生指导下进行保胎治疗。

自然流产多由内分泌失调导致的黄体功能不足引起，此时出现的卵巢囊肿可能会干扰正常的内分泌状态，从而增加流产的风险。因此，在医生指导下使用地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物进行保胎治疗是必要的。

如果患者在流产后出现了持续性下腹痛、阴道出血量较多或伴有发热等症状，则需及时就医诊治。

建议患者定期复查超声检查以监测卵巢囊肿的变化，并遵循医嘱进行适当的休息和营养支持。