1967年，由哈医大、省防疫站、省干部疗养院等单位的专业技术人员组建了黑龙江省职业病防治院，承担全省职业病防治工作。1979年由院改所，成立了黑龙江省劳动卫生职业病研究所，承担全省劳动卫生、职业病防治研究、卫生监督、职业病普查、技术指导等项任务。1985年成立了黑龙江省卫生监督所，承担省内新建、改建企业的卫生监督、评价、监测任务。这一部分职能连同这部分专业技术人员，在2002年成立省卫生监督所和省疾病预防控制中心时，分别成建制地划入了这两个部门。1987年在黑龙江省劳动卫生职业病研究所的基础上恢复黑龙江省职业病防治院的名称。1988年，成立了黑龙江省第二医院，开始了综合医院的建设。2004年与省卫生厅物资设备供应站等单位合并组建了黑龙江省中毒抢救治疗中心，同时黑龙江省劳动卫生职业病研究所由所改院，在黑龙江省中毒抢救治疗中心的基础上，加挂了黑龙江省劳动卫生职业病研究院和黑龙江省第二医院两块牌子。
建院时人员编制215 名，1989年增加编制50名，编制总数为265名。1993年增加编制50名，编制总数为315名。2002年随劳动卫生监督、检测职能划拨到省卫生监督所和省疾病控制中心共计24名，编制总数为291名。2004年，合并重组后，编制总数为473名。1967年床位总数为120张，1989年增加床位 50张，床位总数为170张。1993年增加床位140张，床位总数为310张。2004年增加床位190张，床位总数为500张。
医院设有心血管内科、神经内科、呼吸消化内分泌科、普外科、骨外科、胸脑泌尿外科、眼科、五官科、皮肤科、职业肿瘤科、职业中毒科、尘肺科、变态反应科、物理诊断科、放射线科、CT室、劳动卫生监督室、劳动卫生监测室、毒理研究室、物理因素研究室、粉尘研究室等。
拥有美国副教授动态心电图仪、慢性日本岛津、型全身X线计算机断层摄影机(CT)、高千伏X光机、大功率YAG激光治疗主治机、彩色多普勒超声扫描仪、B 型超声重点诊断仪、经颅彩色多普勒超声扫描仪、全自动生化分析仪、血气分析仪、肺功能检测仪、心电成为综合分析仪、遥控心电监护仪、原子吸收光谱分析仪、丹麦肌电图仪、多功能监测仪、日本从事欧林巴斯内窥镜、纤维电子胃镜、紫外分光光度计等从事医疗设备。