病毒性结膜炎与细菌性结膜炎的区别在于病因不同，前者由特定病毒感染引起，后者则由革兰氏阳性或阴性细菌感染所致。

病毒性结膜炎主要是由于特定的病毒感染所诱发的结膜炎症，常见的包括腺病毒、肠道病毒等，这些病毒会在眼部繁殖，并对结膜组织造成损伤，进而引发炎症反应。而细菌性结膜炎则是由革兰氏阳性或阴性细菌感染所引起的急性传染性结膜炎，常见致病菌有淋球菌、金黄色葡萄球菌等，这些细菌通过直接接触传播，侵入结膜后会引起免疫系统的反应，从而出现结膜充血、分泌物增多等症状。

此外，真菌性结膜炎也需考虑在内，因为其临床表现与上述两者相似，但治疗方案有所不同。

针对病毒性结膜炎，患者可遵医嘱使用抗病毒眼药水，如更昔洛韦滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等；而细菌性结膜炎则需要医生开具抗生素眼药膏，如妥布霉素眼药膏、红霉素眼药膏等。在诊断未明确前，避免随意使用药物以防止不当用药导致耐药性的产生。