功能性肠病可以挂消化内科、胃肠外科、营养科、精神心理科或中医科进行诊治。如果症状持续或加重，建议及时就医以获得适当的治疗。
1.消化内科
消化内科主要负责胃肠道、肝胆胰腺等器官疾病的诊断和治疗。功能性肠病涉及消化系统功能异常，可能伴随腹泻、便秘等症状，在消化内科可获得专业诊治。
针对功能性肠病，可在消化内科进行大便常规、血生化、腹部超声等相关检查。
2.胃肠外科
胃肠外科专门处理与胃肠道有关的手术及外科创伤等问题。如果功能性肠病患者存在明确的器质性病变或需要手术干预，则应至胃肠外科就医。在胃肠外科，医生可能会建议进行内镜下息肉切除术、结肠次全切除术等以解决具体病因。
3.营养科
营养科专注于通过膳食调整来管理健康和疾病。对于功能性肠病患者，营养咨询是必需的一环。因此可以到营养科接受饮食指导。在营养科，患者可接受个体化饮食评估和制定计划，旨在改善症状并促进整体健康。
4.精神心理科
精神心理科关注心理健康问题，包括情绪障碍和行为紊乱。若功能性肠病由压力或其他心理因素引起或加剧时，需转介至精神心理科作进一步评估。在精神心理科，常见诊疗手段包括面谈、问卷调查和心理测试等方法对患者的心理状态进行全面了解。
5.中医科
中医科运用传统中医疗法如草药、针灸等治疗各种身体不适。功能性肠病符合中医“脾胃虚弱”、“气滞血瘀”等范畴，在中医科能得到相应调养。经中医师辨证论治后，可开具草本配方如四君子汤、柴胡加芍药汤等内部调理。
功能性肠病患者应注意日常生活中保持规律作息，避免过度劳累，还要注意饮食卫生，避免食用辛辣刺激性的食物，如辣椒、芥末等。
