双侧卵巢囊肿通常不会影响怀孕，但如果囊肿较大或存在恶性变化，可能需要先进行治疗再考虑怀孕。

双侧卵巢囊肿一般不会直接阻碍输卵管功能或子宫内膜接受胚胎着床，但为了确保母婴健康，建议在计划怀孕前评估囊肿性质及大小。如果囊肿增大压迫周围器官或者出现恶变倾向，则需及时处理以免影响生殖系统正常运作。

若患者患有的是巧克力囊肿，且囊肿体积比较大，可能会导致盆腔粘连，进而影响正常的受孕几率。此外，对于患有子宫内膜异位症的患者而言，由于病灶会随着月经周期发生周期性出血，此时也会影响患者的生育能力。

针对双侧卵巢囊肿对怀孕的影响，应定期监测囊肿的变化，避免因囊肿引起的并发症而影响生育。同时，保持良好的生活习惯，均衡饮食，有助于减少潜在风险。