肛门指检时可能会有轻微至中度的疼痛，持续时间因人而异。
肛门指检时的疼痛主要是由于肛门括约肌受到触碰引起的，其强度与括约肌紧张度有关。正常情况下，括约肌处于放松状态，因此疼痛较为轻微且短暂；而在某些病理状态下如肛裂、痔核等，括约肌处于收缩状态以保护受损区域，此时指检造成的疼痛会相对明显且持续时间较长。
如果患者存在痔疮或肛裂等问题，在进行肛门指检时可能会感到更强烈的疼痛，具体程度取决于病情严重性。此外，若个人体质较敏感，也可能在指检过程中感受到更多的不适感。
在进行肛门指检前，应避免摄入刺激性食物，以免引起肠道反应，同时告知医生任何可能影响检查结果的药物使用史。
