先天性巨结肠的手术风险因人而异，需个体化评估。
先天性巨结肠的手术风险取决于病变部位及长度、患儿年龄、是否有合并症以及既往手术史。
短段型巨结肠的手术风险较低，因为病变局限于小肠的一部分；而全结肠型巨结肠则涉及整个结肠，手术难度增加，风险相应增高。此外，婴幼儿的消化系统较为脆弱，手术后易发生并发症如肠穿孔等，因此需要特别谨慎。
对于新生儿或有严重心血管疾病者，先天性巨结肠的手术风险可能会进一步增加。
在考虑先天性巨结肠手术时，应综合考虑患者的整体健康状况和可能的风险因素。定期监测和管理可能出现的并发症是确保患者安全的关键。
