孕囊小于一厘米且伴有胎停时，应考虑可能是染色体异常引起的。

当染色体数目或者结构发生改变时，可能会引起胚胎停止发育，进而表现为孕囊偏小。这种情况通常不可逆，需要及时进行人工流产手术，以防止染色体异常基因传播给下一代。

此外，如果孕妇存在黄体功能不足、甲状腺功能减退等疾病，也可能导致孕囊过小甚至停胎的现象。这些情况虽然概率较小，但同样不容忽视。

面对孕囊偏小或停胎等问题，建议孕妇定期监测胎儿发育情况，并遵医嘱完善相关检查，如绒毛膜促性腺激素水平测定、B超检查等，以便及时发现并处理潜在的问题。