准备怀孕期间患有扁桃体炎时，可以在医生指导下服用药物进行治疗。

扁桃体炎是由病原体引起的感染性疾病，需要通过药物治疗来缓解症状和控制病情发展。若盲目停用药物可能会导致炎症加重，甚至影响到妊娠结局。因此，在整个孕期都需要监测病情变化，定期复查，以便及时发现异常情况并采取相应措施。

如果患者处于急性期，则不建议立即备孕，以免影响生殖细胞质量以及母体健康。一般情况下，待病情痊愈3-6个月后再考虑受孕较为适宜。

针对扁桃体炎的治疗需谨慎选择药物，并注意避免接触可能诱发过敏反应的食物或环境因素。同时，保持充足的休息与适当的运动有助于增强免疫力，预防疾病的发生。