粘液性囊肿手术后可能会有疤痕。

手术需要切开创口以移除囊肿，这就涉及到皮肤组织的创伤和修复过程。在修复过程中，新生的胶原纤维会形成结缔组织来填补创面，这会导致一些程度不一的色素沉着和组织增生，即所谓的疤痕。对于肤色较深的人群或瘢痕体质者，疤痕可能更为明显。

术后护理不当可能导致感染，增加疤痕形成的概率。

术后患者应避免剧烈运动，以免影响伤口愈合，同时注意保持局部清洁干燥，避免接触刺激性物质，以减少疤痕产生的风险。