新生儿消化不良伴有奶瓣可以考虑使用双歧杆菌、乳酶生、胰蛋白酶、胃蛋白酶、多潘立酮等药物进行治疗。但是新生儿的消化系统发育不完善，若消化不良症状持续或加重，应尽快就医以获得适当的评估和治疗。

1.双歧杆菌

双歧杆菌适用于肠道菌群失调引起的腹泻、腹胀。该药物能够抑制有害细菌的生长，促进有益菌繁殖，调整肠道微生态平衡。

使用时需注意不宜与抗菌药同时服用，以免影响其治疗效果。

2.乳酶生

乳酶生可用于消化不良、肠炎及小儿腹泻等病症。此药可帮助分解食物中的乳糖和蛋白质，改善消化吸收功能。对于缺乏葡萄糖-6-磷酸脱氢酶的儿童应慎用本品。

3.胰蛋白酶

胰蛋白酶用于新生儿消化不良伴有蛋白不耐受的情况。该药物能水解由胰蛋白酶原所形成的多种蛋白水解酶，从而起到助消化的作用。对本品过敏者禁用。

4.胃蛋白酶

胃蛋白酶适用于新生儿消化不良引起食欲不佳、呕吐等症状。该药物可以辅助分解食物中的蛋白质，提高机体对营养物质的吸收能力。本品须在碱性环境中才能发挥比较大活性，因此不宜与抗酸药合用。

5.多潘立酮

多潘立酮适用于新生儿消化不良导致的上腹部不适、嗳气、打嗝、恶心呕吐等症状。本品通过增加食道下部括约肌张力，改善食管蠕动功能，减少胃内容物返流。早产儿、新生儿禁用。

针对新生儿消化不良，家长应注意调整饮食结构，避免过度喂养，必要时可在医师指导下使用益生菌制剂如枯草杆菌二联活菌颗粒来改善肠道环境。